Budując żyzność gleby niezbędne jest prowadzenie właściwego zmianowania roślin uprawnych, co wymaga pogodzenia terminów agrotechnicznych i działań organizacyjnych także w okresach krytycznego nagromadzenia prac. Pomóc może uprawa odmian tolerujących np. nieoptymalne terminy siewu lub obniżone pH gleby.
W ciągu ostatnich około 25 lat zmianowanie roślin uległo uproszczeniu i skróceniu, głównie wskutek uwarunkowań rynkowych, czyli możliwości łatwego zbytu tylko niektórych płodów rolnych. Takie podejście doprowadziło do bardzo dużego udziału zbóż w zmianowaniu (około 70%) i bardzo często spotykanego nadmiernego udziału rzepaku w strukturze zasiewów. W tej sytuacji konieczne jest zwrócenie szczególnej uwagi na odporność odmian na patogeny i ich tolerancję na pozostałości herbicydów – zaniedbania w tym zakresie dają bardzo szybko negatywne skutki, których nie da się ograniczyć w trakcie uprawy. Firmy hodowlane wychodzą naprzeciw tym potrzebom i wprowadzają na rynek odmiany o podwyższonej odporności np. na kiłę kapustnych w przypadku rzepaku, czy na choroby podsuszkowe w przypadku zbóż. I takich odmian powinniśmy poszukiwać, jeśli np. udział zbóż czy kapustnych w płodozmianie jest zbyt wysoki. Jednak należy pamiętać, że cecha wysokiej odporności na patogen może być ujemnie powiązana z innymi cechami roślin, np. wysoką zimotrwałością, na której często bardzo nam zależy. Wówczas pozostaje poszukiwać kompromisu, lub też znacząco ograniczyć uprawę niektórych grup roślin, na określonych polach, przez kilka lat. W przypadku następstwa roślin wraz z ich tolerancją na pozostałości herbicydów zastosowanych w uprawie rośliny poprzedzającej, z pomocą przychodzą nam wyniki badań wykonywanych przez firmy – producentów środków ochrony roślin, a także Państwowe Instytuty Badawcze. W badaniach tych porównuje się np. tolerancję odmian ziemniaka na herbicydy pozostające w glebie, gdy zlikwidowano inną uprawę, w której je stosowano, a następnie zasadzono ziemniaki. Kolejnym przykładem jest tolerancja odmian innych gatunków roślin na pozostałości herbicydów w glebie, gdy zlikwidowano wymarzniętą plantację rzepaku, która była nimi chroniona.
Możliwość uprawy innych roślin zastępczych po zlikwidowaniu plantacji, na której stosowano herbicydy, są również podane w instrukcji stosowania środka ochrony roślin.
Właściwe zmianowanie zakłada następstwo roślin powodujące wzmożenie aktywności biologicznej gleby. Każda grupa roślin lub gatunek ma swoisty zestaw patogenów. Dlatego zmianowanie zakłada stałą wymianę uprawianych grup roślin, aby nie wywoływać zjawiska kumulacji patogenów. Różnorodność uprawianych roślin jest czynnikiem ograniczającym w dużym stopniu natężenie występowania wszelkich agrofagów. Uprawa roślin z innych rodzin botanicznych, niż uprawiane najczęściej, daje czas na odzyskanie równowagi i ograniczenie populacji organizmów szkodliwych. Przykładem takiego postępowania może być uprawa roślin bobowatych w zmianowaniach typowo zbożowych lub z dużym udziałem roślin kapustowatych. Znaczący wzrost udziału w strukturze zasiewów jakiegoś gatunku, czego dobrym przykładem jest rzepak ozimy, czy kukurydza, wymusza konieczność takiego układania następstwa roślin, aby ograniczać ich udział. Jest to coraz częściej jedyny sposób, aby spełnić wymogi umów kontraktacyjnych na dostawę surowca do zakładów przetwórczych, a z drugiej strony zapewnić uzyskanie stabilnych i wysokich plonów upraw decydujących o efekcie finansowym gospodarstwa. Całkowite ograniczenie występowania agrofagów jest niemożliwe, co wynika m.in. z ich obecności w środowisku. Możliwość śledzenia aktualnych terminów pojawu agrofagów, zaleceń dotyczących ich zwalczania daje nam Internetowy System Sygnalizacji Agrofagów prowadzony przez Państwową Inspekcję Ochrony Roślin i Nasiennictwa pod tym adresem, a także inne już dostępne systemy wspierania decyzji.