Stosowanie antybiotyków w chowie i hodowli zwierząt gospodarskich jako stymulatorów wzrostu było jedną z przyczyn powstania zjawiska oporności bakterii. Obecnie prawo europejskie zabrania takich praktyk.
Leki przeciwdrobnoustrojowe mogą być podawane zwierzętom wyłącznie za zgodą i pod kontrolą lekarza weterynarii, który w zależności od sytuacji, indywidualnie określa moment rozpoczęcia leczenia, rodzaj podawanego leku, jego dawkę i czas trwania terapii. W celu jej skutecznego przeprowadzenia, zaleca się wykonanie antybiogramu. Pozwala on rozpoznać, który z drobnoustrojów jest przyczyną infekcji u zwierząt oraz jaką ma on wrażliwość na poszczególne grupy antybiotyków. Na podstawie wyniku, lekarz weterynarii może rozpocząć leczenie celowane, a więc ściśle ukierunkowane na walkę z danym drobnoustrojem.
Jednym z najbardziej popularnych w Polsce badań mikrobiologicznych w tym kierunku jest metoda dyfuzyjno – krążkowa (Kirby-Bauera), która sprowadza się do umieszczenia bawełnianego krążku zawierającego antybiotyk na podłożu z konkretną bakterią. Jeśli w ciągu 24 godzin wzrost bakterii zostanie zahamowany i na podłożu pojawią się charakterystyczne kręgi, antybiotyk może być użyty w terapii.
W pierwszej kolejności wykorzystuje się leczenie antybiotykami I rzutu lub II rzutu, jeśli poprzednie leki okazały się nieskuteczne. W medycynie znane są również tzw. antybiotyki krytyczne, które służą do terapii groźnych chorób i ich stosowanie możliwe jest wyłącznie w rzadkich przypadkach, gdy diagnostyka mikrobiologiczna wyklucza skuteczność użycia innych środków przeciwdrobnoustrojowych. Ich wykorzystanie w leczeniu zarówno ludzi jak i zwierząt powinno być znacznie ograniczone lub wykluczone. Do grupy antybiotyków krytycznych należą: cefalosporyny III i IV generacji, fluorochinoliny, kolistyna i makrolidy.
W antybiotykoterapii rozróżnia się pojęcia terapii empirycznej oraz celowanej. Pierwsza z nich sprowadza się do wyboru antybiotyku na podstawie dotychczasowej wiedzy klinicznej, anatomopatologicznej i mikrobiologicznej weterynarza, a także jego doświadczenia w zakresie leczenia podobnych przypadków choroby oraz opieki zdrowotnej nad stadem. Dobór antybiotyku odbywa się tu bez potwierdzonej laboratoryjnie wiedzy o tym, jaki drobnoustrój jest przyczyną infekcji, z reguły na podstawie przypuszczenia, wynikającego z obserwacji jej przebiegu. Terapia ta powinna być stosowana wyłącznie w stanach nagłych lub wymagających zastosowania konkretnego leku. Leczenie celowane z kolei przeprowadzane jest na podstawie wyniku antybiogramu. Wiedza o tym, jaka bakteria wywołała chorobę, zwiększa skuteczność leczenia już w pierwszej fazie zakażenia, ale też pozwala w przyszłości zapobiec zjawisku antybiotykooporności. Podawanie zwierzętom antybiotyku powinno też uwzględniać okres karencji. To czas od momentu podania ostatniej dawki leku do chwili, gdy w tkankach i produktach pochodzenia zwierzęcego stężenie substancji czynnej będzie mniejsze lub równe maksymalnej, dozwolonej granicy jej pozostałości (MRL). Przestrzeganie okresu karencji stanowi gwarancję bezpieczeństwa żywności.
Każda interwencja weterynaryjna, wraz z przepisanymi do terapii lekami, powinna być udokumentowania w karcie leczenia zwierząt.