Jednym ze źródeł zagrożeń dla ludzi i środowiska są niebezpieczne związki chemiczne używane do produkcji rolniczej lub pozostające po produkcji w gospodarstwach rolnych.
Szczególnie niebezpieczne mogą być środki ochrony roślin, nawozy mineralne oraz paliwa lub oleje stosowane w urządzeniach mechanicznych. Wśród rolniczych środków chemicznych są także przeznaczone do czyszczenia i dezynfekcji urządzeń dojarskich, czyszczenia i odkażania pomieszczeń inwentarskich, magazynów, urządzeń do przechowywania mleka, środki pielęgnacyjne i czyszczące dla ludzi i zwierząt, a także odpady z diagnozowania, leczenia zwierząt: chemikalia, w tym odczynniki chemiczne zawierające substancje niebezpieczne oraz leki. Aby przeciwdziałać zagrożeniom konieczna jest umiejętność ich rozpoznawania i zmniejszania ryzyka związanego z użyciem szeroko rozumianej chemii w procesie produkcji. Skutkiem pochodnym procesu produkcji jest powstawanie odpadów, częściowo bardzo niebezpiecznych dla środowiska, niekiedy także i ludzi. Są tu pozostałości środków ochrony roślin, zużyte oleje i smary, świetlówki, baterie i akumulatory, wszelkiego typu opakowania (w tym po środkach niebezpiecznych), folie, materiały ogrodzeniowe i wiele innych. Ich właściwe zagospodarowanie jest jednym z fundamentalnych czynników utrzymania jakości środowiska i warunkuje produkcje rolniczą w przyszłości.
Ze względu na szczególną aktywność biologiczną substancji czynnych i związane z tym niebezpieczeństwa, należy szczególną uwagę zwrócić na właściwe przeprowadzenie wszelkich prac związanych z ochroną roślin.