Nawozy należy stosować w sposób, który nie powoduje zagrożeń dla zdrowia ludzi i zwierząt oraz dla środowiska, pozwalając jednocześnie na optymalne ich wykorzystanie. Informacje ogólne i ograniczenia dotyczące sposobu stosowania nawozów zawiera Ustawa o nawożeniu (Dz.U. z 2018r. poz. 1259).
Szczegóły dotyczące sposobu stosowania powinna zawierać instrukcja stosowania i przechowywania nawozu, a dla nawozów sprzedawanych luzem dokumenty, w które się je zaopatruje dostawca. Powinny znaleźć się tam informacje o formie lub rozpuszczalności składników pokarmowych oraz dotyczące składu, czyli deklarowanej zawartości makro- i mikroskładników, co umożliwi ustalenie wymaganej dawki nawozu. Ponadto w instrukcji powinny być podane sposoby stosowania, wymagane czynności po zastosowaniu, jak np. wymieszanie z glebą, dopuszczalne dzielenie dawek, a w przypadku specjalnie skomponowanych mieszanek nawozowych, również gatunki roślin, dla których są one polecane. W przypadku nawozów wapniowych dawki mogą być podane w zależności od zakwaszenia gleby i kategorii agronomicznej gleby. Doglebowa aplikacja nawozów, szczególnie w formie granulatu, jest korzystna ze względu na umiejscowienie granul bezpośrednio w glebie, poza zasięgiem spływu powierzchniowego i deszczu. W rolnictwie zrównoważonym konieczne jest stosowanie nawożenia optymalnie jakościowo i ilościowo dobranymi składnikami (patrz: Lekcja 26) i w sposób optymalnie dostosowany do potrzeb roślin (patrz: Lekcja 28). W coraz częściej zdarzających się okresach posusznych korzystniejsze jest nawożenie doglebowe, niż napowierzchniowe, gdyż w glebie nie ma tak dynamicznych wahań wilgotności, jak na jej powierzchni, a zatem dostępność nawozu dla roślin jest bardziej przewidywalna