Integrowana Ochrona Roślin wymaga od rolnika rozpoznania zagrożeń jego upraw, podjęcia możliwych działań w zakresie nie chemicznego ograniczania lub zwalczania agrofagów i dopiero po stwierdzeniu przekroczenia przez nie progu szkodliwości ekonomicznej dopuszcza stosowanie środków chemicznych.
Niezgodne z Integrowaną Ochroną, a więc też prawnie niedopuszczalne, jest stosowanie sztywnych programów ochrony, bez analizy pojawu agrofagów. Konieczność zastosowania ochrony chemicznej przy braku ich fizycznej obecności na polu możliwe jest na podstawie doświadczenia i wiedzy o ich pojawie w znanym miejscu i czasie (np. prewencyjne stosowanie zapraw nasiennych lub herbicydów doglebowych przed wschodami chwastów) lub też na podstawie systemów wspomagania decyzji (np. celowe stosowanie fungicydów przy stwierdzeniu zaistniałej, choć niewidocznej jeszcze infekcji parcha jabłoni lub zarazy ziemniaka). Dawkowanie środka ochrony roślin nie może być wyższe ani częstsze, niż określone w jego etykiecie. Obniżanie dawek jest możliwe, podobnie jak stosowanie mieszanin z innymi zarejestrowanymi środkami, które nie są wyszczególnione w etykiecie, lecz w tym przypadku całą odpowiedzialność za wynik zabiegu rolnik przejmuje na siebie.
Każdy środek ochrony roślin ma określone uwarunkowania jego zastosowania, zarówno co do fazy rozwojowej chronionej uprawy, agrofagów, przewidzianej techniki zabiegu, warunków pogodowych, a czasem także pory dnia. Celem tych uwarunkowań jest zabezpieczenie rolnika, aby wykonywany zabieg miał najwyższą skuteczność, przy najmniejszym ryzyku dla stosującego, uprawy, środowiska i konsumentów. Stąd wynika wiele wskazań praktycznych, jak np. technika zabiegu, czy dopuszczalny czas między zabiegiem, a opadami deszczu, ale także podstawowe wskazania bezpieczeństwa dla konsumentów uprawianych roślin, ludzi bądź zwierząt, czyli karencja oraz karencja dla pasz, jak również czas wejścia ludzi na plantację po zabiegu oraz bezpieczeństwa fauny pożytecznej (głównie zapylaczy), czyli prewencja oraz prewencja dla zapylaczy.
Działanie środków ochrony roślin jest w dużym stopniu zależne od warunków pogodowych oraz sposobu wykonania zabiegu. Każdy błąd wykonawczy lub niedogodność pogodowa odbija się na skuteczności wykonanego zabiegu. Podstawą skuteczności każdego środka jest jego obecność w miejscu działania, w warunkach umożliwiających przyjęcie go przez agrofagi. Zarówno znoszenie cieczy roboczej z wiatrem, zmywanie przez deszcz i ściekanie z rosą, użycie w niewłaściwych temperaturach, prowadzące do wyschnięcia środka przed jego kontaktem z agrofagiem lub też nieprzyjęcia go z powodu braku aktywności biologicznej agrofaga – skutkuje zmniejszeniem skuteczności zabiegu nawet do zera. Niedotrzymywanie ograniczeń pogodowych, obok błędów wykonawczych (niewłaściwa faza agrofagów lub zła technika zabiegu), jest głównym powodem niskiej skuteczności zabiegów ochrony roślin pomimo poniesionych nakładów, a czasem także skażeń środowiska.
Stosowanie oprysków środkami ochrony roślin w okresie wietrznym i przed opadami deszczu powoduje zarówno straty ekonomiczne w środkach produkcji jak i niesie ze sobą zwiększone ryzyko porażenia roślin patogenem, przed którym nie zostały one należycie ochronione. Występujący przy wietrze znos cieczy roboczej poza obszar docelowy zabiegu niepotrzebnie skaża tereny przyległe, zwłaszcza jeśli w pobliżu znajdują się wody otwarte. Podobnie wykonanie oprysku przez opadem deszczu jest zarówno nieuzasadnione ekonomicznie jak i szkodliwe dla środowiska. Większość substancji czynnych ochrony roślin jest toksyczna dla organizmów wodnych nawet w małych stężeniach. Należy unikać na wszelkie sposoby możliwego przedostawania się środków ochrony roślin do wód powierzchniowych, a także gruntowych.
Powszechne są usługi doradcze, oferowane m.in. przez firmy producenckie i jednostki handlowe, zapewniające rolnikom informacje w formie SMS-ów lub aplikacji dla smartfonów, o optymalnym terminie i dawce stosowania środków. Usługi te oparte są o dane z lokalnych stacji meteorologicznych i oficjalne zalecenia stosowania środków ochrony roślin.
Środki ochrony roślin, w zależności od celu stosowania i scenariusza polowego, mogą wymagać łącznego zastosowania z preparatem wspomagającym – adjuwantem. Wiedzę o takich potrzebach i sprawdzonych adjuwantach posiadają producenci środków ochrony roślin oraz niezależni doradcy – kierując się ich zaleceniami rolnik nie ryzykuje utraty plonu ani jego jakości. Prawo daje możliwość stosowania nie zaleconych przez producenta środka ochrony roślin mieszanek, wskazując jednocześnie rolnika jako osobę odpowiedzialną za wyniki zabiegu. Należy z dużą rozwagą i ostrożnością podchodzić do proponowanych na rynku propozycji mieszania różnych produktów, gdyż obowiązujące zasady często wykorzystują nieuczciwi producenci, oferujący niesprawdzone, często zupełnie zbędne dodatki, rzekomo wspomagające działanie środków ochrony roślin, zmieniające pH cieczy roboczej etc., mogące obniżyć skuteczność prowadzonego zabiegu.