Nawozy organiczne odzwierzęce wytwarzane są przez cały okres chowu zwierząt, a ich stosowanie jest zalecane i możliwe do wykonania tylko w niektórych okresach roku. Dlatego wszystkie nawozy naturalne wymagają przechowywania. Obornika nie należy przechowywać w pryzmach polowych, gdyż prowadzi to do zanieczyszczenia wód gruntowych związkami azotu i fosforu oraz przenawożenia gleby pod pryzmą.
Ustawa o nawozach w art. 25. 1. wskazuje, że gnojówkę i gnojowicę przechowuje się wyłącznie w szczelnych zbiornikach o pojemności umożliwiającej gromadzenie co najmniej 4-miesięcznej produkcji tego nawozu. Zbiorniki te powinny być „zamknięte” w rozumieniu przepisów prawa budowlanego. Wymagania dotyczące warunków przechowywania nawozów naturalnych zawiera rozporządzenie Ministerstwa Środowiska (Dz.U.2003.4.44). Co prawda dla terenów rolniczych nie znajdujących się na obszarach OSN brak jest wymagań prawnych dotyczących czasu przechowywania obornika, poza pojemnością płyty gnojowej, jednak podobne zasady powinny być dobrą praktyką. Na obszarach OSN okres ten powinien wynosić co najmniej 6 miesięcy zarówno dla obornika, jak i gnojówki i gnojowicy. Przy obliczaniu wymaganej pojemności miejsc magazynowania nawozów organicznych należy uwzględnić liczbę zwierząt wyrażoną w DJP – dużych jednostkach przeliczeniowych. Wymagana powierzchnia płyty gnojowej zależy od wysokości pryzmy obornika. Powierzchnię tę zmniejsza się proporcjonalnie do czasu przebywania zwierząt na pastwisku. Zakres tego zmniejszenia i inne współczynniki dostępne są w literaturze. Szczegółowe regulacje wraz ze sposobem wyliczenia dla poszczególnych gatunków zwierząt zawiera Dz. U. 2018, 1339.
Komposty nie mają szczegółowych uregulowań dotyczących ich przechowywania.
Nawozy organiczne zawierają wszystkie niezbędne dla roślin makro- i mikroelementy, które są uwalniane w wyniku procesów mineralizacji zawartych w nich związków organicznych. W celu prowadzenia racjonalnego i zgodnego z prawem nawożenia niezbędna jest dokładna znajomość zawartości składników odżywczych w stosowanym nawozie. Dla nawozów mineralnych wartości te są znane i zawarte w instrukcji stosowania nawozu. Dla nawozów organicznych znane są jedynie wartości standardowe, które są dostępne w literaturze. Standardowe wartości mają charakter orientacyjny, a rzeczywista zawartość składników odżywczych może się zmieniać w zależności od źródła pochodzenia takiego nawozu. Podczas przechowywania nawozów organicznych następują w nich przemiany chemiczne prowadzące do strat niektórych składników poprzez ich ulatywanie lub wymywanie. Dlatego ich skład powinien być zweryfikowany dla konkretnej partii nawozu oraz czasu i warunków jego przechowywania. Wiedza o składzie chemicznym danego nawozu umożliwia ustalenie optymalnej dawki nawożenia i zapobieganie przenawożeniu lub zanieczyszczeniu środowiska. Badanie składu możemy zlecić okręgowej stacji chemiczno-rolniczej lub innemu laboratoriom wykonującym takie badania (WIOŚ). Próbki powinny być reprezentatywne dla całej partii badanego materiału. Instrukcje pobierania obornika, gnojowicy i kompostu znajdują się na tej stronie.