Agrofagi zagrażające uprawom pochodzą ze źródeł infekcji, które mogą znajdować się w glebie, na lub w nasionach, na resztkach roślinnych lub żywych roślinach, znajdujących się na polu, bądź poza nim.
Najlepszym sposobem obniżania poziomu infekcji jest zapobieganie powstawaniu lub usuwanie jej źródeł, np. niedopuszczanie do gromadzenia się nasion chwastów na powierzchni gleby, unikanie monokultur (przyczyna np. chorób podstawy źdźbła u zbóż), zbyt krótkiego czasu powrotu rośliny w zmianowaniu (przyczyna np. kiły kapustnych w uprawie kapusty lub rzepaku, pojawu nicieni w uprawie ziemniaków), lub zakażonych patogenami resztek roślinnych (np. zgniłe ziemniaki, owoce, butwiejąca słoma). Usuwać źródła infekcji można przez właściwe zmianowanie, ograniczanie zachwaszczenia, niedopuszczanie do rozwoju populacji agrofagów poprzez skuteczne likwidowanie dostępnymi metodami pierwszych, małych infekcji, siewy roślin obniżających populację agrofagów (np. gorczycy w wypadku obecności nicieni – patogenów buraków cukrowych).