Do produkcji nawozów organicznych i organiczno-mineralnych wykorzystuje się rożnego rodzaju substancje odpadowe pochodzenia roślinnego i zwierzęcego, jak również osady ściekowe, które pomimo procesu kompostowania często mogą nie być w pełni bezpieczne dla człowieka.
Nawozy organiczne są zanieczyszczone chemicznie i biologicznie, zawierają olbrzymi ładunek bakterii, wirusów, grzybów, jaj pasożytów jelitowych ludzi i zwierząt. Organizmy te wprowadzone wraz z nawozami do gleby w sposób niekontrolowany, niezgodnie z obowiązującymi zasadami, spowodują jej skażenie przekładające się na zanieczyszczenie plonów. Drobnoustroje i inne organizmy chorobotwórcze charakteryzują się długą przeżywalnością. Do najczęstszych chorób w wyniku skażenia biologicznego gleby należą: salmonellozy, tasiemczyce oraz robaczyce przewodu pokarmowego. Jaja glisty ludzkiej przeżywają około 6 lat, jaja pasożytów zwierząt mięsożernych do 10 lat. Ustawa o nawozach i nawożeniu oraz szereg Rozporządzeń Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi dokładnie określają, jakie badania należy wykonać, aby nawóz był dopuszczony do obrotu.
Używanie nawozów mineralnych pociąga za sobą zagrożenia poparzeniami chemicznymi skóry oraz układu oddechowego operatora, uszkodzeniami oczu w wypadku zaprószenia lub rozprysków płynnych lub rozpuszczanych nawozów, zwłaszcza mocno rozgrzewających roztwór (egzotermicznych). Zagrożenia mogą wynikać także z obecności gazów lub oparów z magazynowanych lub stosowanych nawozów.
Niewłaściwe stosowanie nawozów mineralnych i organicznych pociąga za sobą poważne zagrożenia dla środowiska, zwłaszcza dla wód powierzchniowych i gruntowych w wypadku przenawożenia, błędów techniki stosowania lub ekstremalnych zdarzeń pogodowych.