Zgodnie z rozporządzeniem Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi, w sprawie sposobu postępowania przy stosowaniu i przechowywaniu środków ochrony roślin, magazyn środków ochrony roślin przez użytkowników profesjonalnych powinien być zlokalizowany w odległości nie mniejszej niż 20 m od studni oraz zbiorników i cieków wodnych, chyba że środki te są przechowywane na szczelnej, utwardzonej nawierzchni z trwałych materiałów izolacyjnych, gdzie można zebrać potencjalnie rozlane środki.
Magazyn należy zlokalizować w bezpiecznej odległości od terenów podatnych na pożar oraz wrażliwych na skażenia chemiczne. Magazyny o pojemności mniejszej niż 1 tona powinny być budowane w odległości nie mniejszej niż 20 m od obszarów wrażliwych lub 10 m przy zachowaniu warunku ognioodporności i możliwości zbierania wody gaśniczej. Odległość nowobudowanych magazynów o pojemności powyżej 1 tony środków ochrony roślin od obszarów bardzo wrażliwych powinna wynosić 50 m, lub 10 m, jeżeli magazyn spełnia wymagania jednogodzinnej odporności na ogień i umożliwia zbieranie wody gaśniczej.