Zasoby wód wykorzystywanych do nawodnień podlegają wielu procesom powodującym zmianę ich składu chemicznego w czasie.
Na skład wody wpływają naturalne procesy klimatyczne, jak wielkość opadów, zamarzanie, parowanie, a także procesy biologiczne, jak np. zakwit glonów, który może być szkodliwy dla zdrowia ludzi i zwierząt. Największy wpływ na jakość wody słodkiej w ciekach i w gruncie ma gospodarka człowieka, a w przypadku rolnictwa będzie to sposób składowania nawozów organicznych i mineralnych, dobór dawek, terminów i sposobu nawożenia, ochrony roślin i nawodnienia, a także sposób gromadzenia, nautralizacji i odprowadzenia ścieków i innych wód, w tym popłuczyn z mycia zbiorników i urządzeń do aplikacji nawozów i ŚOR. Bardzo trudno jest realnie skalkulować ryzyko dla jakości wody używanej do nawodnień, dlatego też zaleca się przeprowadzanie badań składu wody, zwłaszcza wód powierzchniowych, które z powodu bliskości pól, otwartego charakteru lustra wody oraz bezpośredniego oddziaływania wysokich temperatur podlegają bardzo szybkim zmianom składu chemicznego i stanu biologicznego. Nieszczelne zbiorniki i instalacje ściekowe w gospodarstwie mogą sprzyjać przemieszczaniu się do wód bakterii chorobotwórczych, np. bakterii Escherichia coli. Wykorzystanie skażonej biologicznie wody, zwłaszcza w okresie przed zbiorem roślin zielonych lub owoców, może spowodować wystąpienie chorób zakaźnych zarówno u osób zbierających plony jak i u konsumentów, zwłaszcza na plantacjach roślin, które nie są myte przed sprzedażą. Istnieje również ryzyko zatrucia toksynami w wyniku skażenia plonów wodą pochodzącą ze zbiorników, w których zakwitły sinice. Toksyny wydzielane przez niektóre szczepy sinic mogą powodować u ludzi podrażnienia skóry, uszkodzenie nerek i wątroby, aż po porażenie mięśni. Zagrożeniem może być zbyt wysoka zawartość w wodzie składników mineralnych pochodzenia naturalnego lub obecnych w niej wskutek działalności człowieka, które kumulując się w roślinach lub glebie mogą prowadzić do pogorszenia jakości plonu lub nawet długotrwałego pogorszenia żyzności gleby.